Résumé : L'évaluation de la qualité des cours d'eau est réalisée à partir de deux principaux types d'indicateurs : les concentrations annuelles (moyennes arithmétiques (Cmoy), médianes (C50), quantiles supérieurs (C90), moyennes pondérées par les débits, (C*..) qui sont rapportées à une grille de qualité (SEQ-Eau) et les flux annuels ramenés généralement à la surface du bassin versant productrice. Ces indicateurs sont entachés d'une incertitude, rarement quantifiée, qui dépend d'abord de la variabilité des concentrations des différents constituants avec la saison et les débits, de la variabilité hydrologique et du nombre de mesures N/an. C'est la spécificité du programme VARIFLUX soutenu par le programme ECCO-ANR/INSU/CNRS dont les résultats sont présentés ici. River water quality assessment is commonly based on two types of metrics : i) annual concentrations (annual means, medians, upper percentiles which are compared to water quality scales and ii) annual fluxes, generally normalized to the river basin area (specific fluxes). These metrics, when determined from discrete surveys should be associated with uncertainties, rarely quantifed, which depend : i) on the concentrations variability with water discharge and/or season, ii) on the river flow variability and, ii) on the survey frequency. The VARIFLUX project is addressing these questions from a Monte-Carlo of discrete simulation surveys based on a rare set of daily records (Suspended particulate Matter, MES, total dissolved solids, TDS, nutrients) in France and in the USA.